Hola, Internet Explorer no necesita permisos para hacer funcionar el javascript, a no ser que estés trabajando en local. ¿Tienes la web subida a Internet o estás haciendo pruebas en tu computadora?
Si estás haciendo pruebas en tu ordenador, IE se quejará, si tienes la web subida a Internet no debería darte problemas.
Si necesitas hacer pruebas con IE en tu ordenador, ve a la configuración de seguridad de Internet Explorer y habilita Javascript en local.
Otra posibilidad es añadir esto después de la etiqueta <html>
<!-- saved from url=(0021)
http://www.google.com -->
Esto "engañará" a IE haciendo que crea que la web está en Internet. Una vez que subas la web a Internet puedes quitar dicha etiqueta.