Hola
En cakePhp 2.x, una opción que te puede servir:
Dentro de tu layout:
Código PHP:
echo $this->fetch('script');
Dentro de otra vista pones los .js:
Código PHP:
$this->Html->script(array('index'), array('inline'=> false));
Nótese cómo dentro de la vista no esta el "echo" y el "inline" se encuentra en "false"
Otra opción es imprimirlos directo en tu layout (dentro del header claro)
Código PHP:
echo $this->Html->script(array('jquery', 'wysiwyg', 'scripts'));
mira el cakeBook para resolver más inquietudes:
http://book.cakephp.org/2.0/en/core-libraries/helpers/html.html#HtmlHelper::script
Nota: Fijate que primero se carguen los js y luego haga toda tu programación js, de lo contrario no funcionará, mira el fuente
Saludos