Pues hoy estoy a lo Harry Potter haciendo las veces de mago. Especulando podrian ser muchas cosas:
Usar etiquetas cortas de php
Código PHP:
<?php
?>
//asi siempre la leeran todos los servidores
<?
?>
//asi la leeran los servidores que tienen habilitado las etiquetas cortas
Otra posible causa son los permisos en los archivos y que no te permita escribir, borrar, actualizar archivos etc
Una posibilidad mas es la configuración del php.ini en el servidor.
Si nos dices un poco mas de que va tu script te puedo ayudar mejor y en caso tal pedirle a tu proveedor que te de los correspondientes permisos. Puedo especular mas pero asi con esa información tan general es dificil.