Ok. Esto lo solucione colocando el nombre de la carpeta Base en la condicion RewriteRule
Me explico.
Código Apache:
Ver original#En vez De
#RewriteRule ^productos$ /principal.php [L]
#Lo siguiente:
RewriteRule ^productos$ /MiSitio/principal.php [L]
Pero entonces, mi duda creo q ahora es mas facil y espero alguien pueda decirme. Para eso no es que se utiliza la instruccion "rewriteBase"?