Pues no uses los números como cadenas sino como números.
Código PHP:
$nota[$arrayvalue++] = "1";
Código PHP:
$nota[$arrayvalue++] = 1;
Igual con las respuestas negativas. No he visto el resto del script detenidamente pero creo que incluso se podria hacer mas eficiente. Pruebalo a ver si te funciona y ya nos comentas.
p.s. Se me adelanto repara2 en la respuesta, yo opino lo mismo que él, se ve un poco confuso y largo para una tarea sencilla.