consulta sql de tres tablas en una

[gnzsoloyo]

No te lo devuelve, porque no lo estás pidiendo.
Esa consulta devuelve un registro por cada empleado de cada sucursal, de cada empresa.
Si lo que quieres es el numero de empleados por empresa, debes contar agrupando por empresa, para lo cual, por el esquema que pones en el post, no necesitas el idSucursal:

Código MySQL:

SELECT E.nomEmpresa, COUNT(*) Empleados 
  FROM empresa E
       INNER JOIN trabajador T ON S.idSucursal = T.idSucursal
GROUP BY E.codigo
 

Y si lo que quieres es contar por cada sucursal de cada empresa, debes agrupar por empresa y por sucursal:

Código MySQL:

SELECT E.nomEmpresa, S.nomSucursal, COUNT(*) Empleados 
  FROM empresa E
       INNER JOIN sucursal S ON E.idEmpresa = S.idEmpresa
       INNER JOIN trabajador T ON S.idEmpresa = T.idEmpresa AND S.idSucursal = T.idSucursal
GROUP BY E.idEmpresa, S.idSucursal;