Por lo que entiendo, lo que necesitas es un subtotal por día. Eso se realiza con la misma cláusula GROUP BY, pero con un adicional:
Código MySQL:
Ver original U.NOMBREUNIDAD,
DU.SECCIONES,
INNER JOIN PRODUCCIONUNIDAD PU
ON U.CODIGO
= PU.FKCODIGO
INNER JOIN DATOSBASEUNIDAD DU
ON U.CODIGO
= DU.FKCODIGO
U.FKJEFATURA = 'ALM01'
Esto crearía el subtotal diario, y un total por artículo.
De lo contrario, para un reporte detallado, deberás plantearte hacerlo combinadamente entre la aplicación y un par de consultas.