Una cosa es clara aquí, usar allow_url_include para permitir la ejecución remota de código es una vulnerabilidad bastante grave, ¿qué pretendes hacer?
Mi opinión al respecto es que estás haciendo trucos chinos sin tener una buena excusa, casi estoy seguro que lo que estás buscando se resuelve implementando WebServices, ya nos dirás.
Pero bueno, sin explicarnos tus objetivos puedo decir que te estás mareando sin motivos.