Yo utilizo assoc, pero nose. El que no te recomiendo es array, estas gastando memoria al pedo a mi gusto.
Con fetch_array, se guarda en $res[0],$res[1],$res[..],$res[n], y ademas en $res['campo'] por lo que se gastaria el doble de memoria, en fetch_assoc guarda directamente en el campo lo cual la reduce a la mitad.
Si estoy equivocado corrijanme
Se me publico doble post y no se borrarlo, sorry.