Hice la prueba así
SELECT nombre,count(nombre)
FROM `notas`
WHERE nota <6
GROUP BY nombre
HAVING count(nombre)>3
Y funciona perfecto pero necesito trabajarlo con 3 tablas
"SELECT * FROM alumnos , programa, calificar where alumnos.idalumno=calificar.idalumno and
alumnos.programa=programa.idprograma and
calificar.promedio<programa.Minima";
y no he podedido hacerlo sin error de sintaxis