Bueno, el problema es simple: El CSV está mal formateado, y está poniendo como primer campo al CUIT, cuando debería ser el Id de la tabla. Por eso repite.
La solución (se ve que no leíste a fondo el link que te pasé), es indica qué campos estás ingresando y en qué orden...
Código MySQL:
Ver original (`cuit_ddjj`, `periodo_ddjj`, `cuil_ddjj`, `ape_nom_ddjj`, `afili_ddjj`,
`basico_ddjj`, `bruto_ddjj`, `aporte_ddjj`, `cct_ddjj`, `observacion_ddjj`)
Otra cosa es que tienes mal definidos los tipos de dato numéricos:
1) No pongas esos valores entre paréntesis, como BIGINT (10). Eso no es lo que supones, no especifica la longitud de la cifra, sino la salida representable en consola, y segmenta los valores para la generación de vistas. Puede producir errores indetectables.
2) Un ID numérico siempre debe ser UNSIGNED, no existen los ID negativos (¿o alguna vez viste un documento con umero negativo?).
3) Los valores DECIMAL sólo alcanzan a 4 enteros y 2 decimales... ¿Estás seguro de que te sirve. Es decir, sólo pueden representar como mucho el numero 9999,99.