Hola, he tenido la misma necesidad y la he resuelto de la siguiente manera, creas el PDF de manera normal con FPDF, luego (para mostrarte rapidamente) creas la grafica en el mismo archivo (no es lo mas optimo) de la siguiente manera:
Código PHP:
Ver original// Create the graph. These two calls are always required
$graph = new Graph(270, 200, 'auto');
$graph->SetScale("textlin");
$theme_class = new UniversalTheme;
$graph->SetTheme($theme_class);
$graph->SetBox(false);
$graph->ygrid->SetFill(false);
$graph->xaxis->SetTickLabels(array('PA-01', 'PA-02', 'PA-03', 'PA-04')); $graph->yaxis->HideLine(false);
$graph->yaxis->HideTicks(false, false);
// Create the bar plots
$b1plot = new BarPlot($data1y);
// Create the grouped bar plot
$gbplot = new GroupBarPlot
(array($b1plot)); // ...and add it to the graPH
$graph->Add($gbplot);
$b1plot->SetColor('white');
$b1plot->SetFillColor('#C5C5C5');
$graph->title->Set("Promedios por Periodo:");
$nombreImagen = 'path-absouta/uploads/info/' . uniqid() . '.png';
// Display the graph
$graph->Stroke($nombreImagen);
//Aqui agrego la imagen que acabo de crear con jpgraph
$pdf->Image($nombreImagen, $pdf->GetX() + 140, $pdf->GetY() - 25, 40, 30);
Luego puedes borrar la imagen con