Me parece imperativo hacer una diferenciación de términos. Toda vez que se utiliza la palabra penalización es el resultado de una violación a las
Directrices para webmasters de Google
Para el caso en que se permita que tanto categorías como etiquetas sean indexadas no se trata de contenido duplicado. El contenido duplicado es el efecto de mostrar con 2 ó más URLs el mismo contenido.
Lo que se recomienda es que estas taxonomías (etiquetas y títulos) no sean indexadas. Ya que lo que ocurre es que se
diluye la relevancia del contenido por el cual las páginas están compitiendo.
Distinto es tomar la decisión sobre incluirlas o no mediante widgets, nube de etiquetas, etc.
Yo soy de la opinión que esta inclusión es importante. Puede darle una buena experiencia al usuario y ayuda al linking interno. Pero, claro, hay que evitar que los motores de búqueda indexen estas páginas.