Si, si se puede, en la clase Docente debes tener un ArrayList de Materias
Entonces cuando se le agregue se le agregue a la tabla como puse y agregarlo a la arraylist del docente
Código:
if ( materia.getCodigomateria().equalsIgnoreCase(this.txtCodigomateria.getText().trim()))
{
// Registrar datos en la tabla
model=(DefaultTableModel)this.jTable1.getModel();
Object fila[] = new Object[3];
fila[0] = materia.getCodigomateria();
fila[1] = materia.getNombremateria();
fila[2] = materia.getCreditos();
model.addRow(fila);
nombredelatabla.setModel(model);
d.getMateriadeldocente().add(materia);
}
Eso debería guardar cada materia al docente
Saludos