Podrías usar algún programa que permite buscar y reemplazar.
Yo por vaga me hice un script para poner dinámicamente los targets, quizás te sirva.
function enlaces()
{
for (m=0; m<document.links.length;m++)
{
document.getElementsByTagName('A')[m].target= "_blank"
}
}
Y en body...
<body onload="enlaces()">
En el código seguirán estando los target en _top, pero al cargar la página se irán a _blank
