Hola,
Eso es porque esta intentando ejecutar el .php como si seria un shellscript. No se exactamente lo que hace tu .php, pero creo que podrias usar wget para "simular" abrir el script desde un navegador. O tambien podrias usar cURL. Con este podrias guardar el HTML generado como respuesta por tu script, para hacer un log. La cuestion es que el job seria llamar al cURL con la URL del script a ejecutar.
Si tu script esta diseñado para poder ser ejecutado por la version de PHP de linea de comandos, el job seria llamar a el ejecutable de PHP de linea de comandos pasandole el path del script. Mira
http://www.php.net/manual/en/features.commandline.php
Espero haber sido de ayuda.