¿Cuál es mi error en esta lógica de Java?

[Fuzzylog]

if ( materia.notasdelosestudiantes.size()==0) {
// Rellenar datos de las notas estudiante (1)
HAZLO FUERA Y ANTES DEL FOR
} else {
// BUCLE FOR AQUI
// Comprobar si el estudiante ya tiene notas
// Si las tiene mostrar mensaje de aviso
// Si no las tiene => Rellenar datos de las notas estudiante (2)
}

Como puedes ver (1) y (2) repetirían el mismo código
Igual te compensa crear un método específico que contenga todo ese código para reutilizarlo y no repetirlo, y llamar a ese método en (1) y (2).
Aunque con eso de arriba te debería funcionar.