Buej... Creo que esta es una de esas cosas que pasan y las arreglas y ni te enteras cómo lo lograste
Me metí a
/etc/compizconfig/upgrades/ y en el archivo
com.canonical.unity.unity.03.upgrade el valor de
+s0_launcher_hide_mode lo cambié de 0 a 50. Resultado, todo volvió a la normalidad, salvo que tuve que configurar todas las opciones otra vez...
Saludinhos!