El segundo video, es simplemente un flash swf, no un video flash flv (mp4, webm, u otro)
http://foros.emprear.com/flash/tipex_2/tippex2.swf
incluso en este los aparentes controles de youtube están simulados, son solo objetos del flash que controlan cierto aspecto de la reproducción.
los botones del primer video no son realmente botones (el video solo contiene la imagen de los botones), sino 2 capas que aparecen a un determinado momento de la reproducción posicionadas en la ubicación de las imágenes. Esto último es fácil de hacer con js, aunque desconozco como se hace con la api de you tube.
Saludos