Problema no, pero quizá se vea más pro ponerlos todos en la misma jerarquía
ejemplo.com/es
ejemplo.com/en
ejemplo.com/fr
eso te permitirá también usar una ruta común a hojas de estilo por ejemplo
href="../Estilos/Estilo.css"
para el nombrado de los archivos hace tiempo en unas traducciones de unos documentos de la w3, concluímos que funcionaba bien dejar el nombre del archivo en el idioma original example.html con un subfijo example-es.html, en lugar de ejemplo.html, pero en ese caso importaba un pepino el SEO. así que aunque va a ser una revoltura probablemente tengas que cambiar los nombres de archivos...
O probablemente configurar un mod rewrite para que internamente estén example-es y en el navegador se vea la traducción.
un punto interesante...
Voy a abrir un tema en otro foro a este respecto, y lo pongo de regreso acá.