Irregularidad con Framework 1.1.4322

[markmarco16]

Buenas noches:

Saludos cordiales desde Caracas Venezuela, los felicito por la gran diversidad y orden del foro.

Recurro a la consulta de ustedes por un caso en particular en el cual san google no me ha sacado de duda.

Actualmente poseo varias aplicaciones desarrolladas con Visual Studio 2003, en ASP.Net y un servidor con SO Windows Server 2003 con la versión de Framework 1.1.4.322 tanto en default web site como en el directorio virtual de la aplicación.

La situación es la siguiente, desde hace unos días para acá las aplicaciones han comenzado a fallar, mostrando el siguiente mensaje al intentar ingresar al directorio virtual y link dispuesta para ellas:

Server Application Unavailable.
The web aplication you are attempting to access on this web server is currently unavailable.

La aplicación se encuentra cargada correctamente, al revisar la propiedades del directorio virtual exactamente en la pestaña de ASP.NET me encuentro con que esta con la versión 1.1.4322. Modifico dicha versión a la 2.0.50727 se aplican y se aceptan los cambios y sin reiniciar el IIS la aplicación comienza a funcionar aparentemente. Toda esta accion realizada sin modificar las propiedades del ASP.NET framework del Default Web Site.

Mis dudas según este caso son las siguientes:
1- Al modificar la version del framework en el servidor este podria afectar la funcionalidad de la aplicacion compilada en VS 2003?

2- Al realizar el Build o Rebuild de la aplicación en Visual Studio 2003, se debe configurara para que versión del framewok se va a emplear?

Agradezco de antemano toda la ayuda que me puedan brindar ya que desconozco las causas de esta inrregularidad, lo mismo me ocurrio con un web services que a pesar de poseer la version actualizada de la DLL con su codigo fuente ASMX, mostraba versiones antiguas que ya no estaba en el servidor y lo soluciones realizando el cambio al framework 2.0.50727.

Saludos