¿Cómo escribir código javascript dentro de una nueva ventana creada con javascript??

[David]

Si definitivamente quieres hacerlo de esa manera en lugar de usar las funciones de la ventana principal, solo tienes que evitar colocar directamente la etiqueta <script> para no confundir al parser:

Código Javascript:

ventana.document.write('<scr' + 'ipt type="text/javascript">alert("Hello");</scr' + 'ipt>');