Si una extensión es procesada por php, nunca se ve el código php, solo el html que este genera (si es que este genera alguno, por supuesto)
Ahora si dentro de un html ponés
Código:
<?php
$usuario = "Juan";
echo $usuario;
?>
y el html NO es procesado por php, entonces en el navegador no vas a ver nada y en el código fuente vas a ver precisamente ese código.
Te recomiendo que dejes las cosas por defecto, tus php como php y tus html como html
Saludos