Hola:
Si el código html se genera de forma dinámica con javascript, va a ser complejo que puedas obtenerlo desde java, puesto que necesitarías cargar la página (supongo que como estás haciendo ahora) y ejecutar ese código javascript.
Aunque java permite ejecutar cosas en javascript (aquí tienes un ejemplo para evaluar una expresión matemática
http://chuwiki.chuidiang.org/index.p...9ticas_en_java ), sería complejo, puesto que tienes que meter todas las variables propias de un navegador que use el javascript (document al menos, etc, etc) con las funciones que estas implementan (getElementById(), por ejemplo).
En fin, no es sencillo, no se me ocurre una solución fácil.
Se bueno.