Pasar una variable php a una funcion Javascript

[emprear]

Si el form en tu popup tiene un action que apunta a si mismo, lo lógico es que si el form es procesado, genere un mensaje al usuario... "se envió la nueva clave a su direccion de correo" u algi asi e incluya un botón o link para cerrar la ventana
<button onclick="self.close()">cerrar</button>
si querés hacerlo automático, obvias el mensaje y luego de hacer mail(), imprimis una script

Código PHP:

echo"
<script>
self.close();
</script>
";
 

Saludos