¿Como?
creo que no has entendido el funcionamiento. El index.php no tienes que incluirlo en ninguna parte, el usuario hace uso de ese index.php como puerta de entrada al resto de páginas.
http://www.dominio.com/login.php -> una vez logeado ->
http://www.dominio.com/main/index.php (el mio)
y desde ese index.php ya vas cargando la página que te soliciten con los links index.php?pag=la_pagina_que_sea