Ok, te explico como lo tengo yo, porque lo del nuevo index es lo que no se donde colocarlo..
Tengo un primer index en mi carpeta principal
Proyecto/index.php 
En este index es donde esta la pagina de logueo que me lleva al archivo login.php 
En login.php tengo esto:    
Código PHP:
Ver original- <?php 
- require("conexion.php"); 
- include("class.xss.php"); 
- $db = conectar(); 
- $user=$_POST['user'];  
- $pass=$_POST['password']; 
-   
- $sql="SELECT * FROM usuarios WHERE COD_USU=? AND PAS_USU=?"; 
- $result = $db->prepare($sql); 
-   
- $numfilas = $result->rowCount(); 
- if($numfilas==0) 
- header("Location: index.php?l_error=".- RandomString (50,TRUE,TRUE,TRUE)."");
 
-   
- else 
- { 
-   $_SESSION["login"] = $user;  
-   header("Expires: Tue, 01 Jul 2001 06:00:00 GMT"); 
-   header("Last-Modified: " . gmdate("D, d M Y H:i:s") . " GMT"); 
-   header("Cache-Control: no-store, no-cache, must-revalidate"); 
-   header("Cache-Control: post-check=0, pre-check=0", false); 
- }   
- ?> 
Si el usuario si existe me lleva a la carpeta main, donde tengo otro index
Ese nuevo index tiene lo siguiente:   
Código PHP:
Ver original- <?php  
- require("../seguridad.php");  
- ?> 
- <!DOCTYPE HTML> 
- <head> 
-     <meta http-equiv="content-type" content="text/html" /> 
-     <meta name="author" content="www.intercambiosvirtuales.org" /> 
-     <title>Sofware - Iniciar sesion</title> 
-     <link rel="stylesheet" href="../css/estilos.css" type="text/css" media="screen" /> 
-     <link rel="stylesheet" href="../css/estilo_menu.css" type="text/css" media="screen" /> 
- </head> 
-   
- <body> 
-   
- <div class="elemento"></div> 
-   
-   
- <div class="menu" > 
- <?php 
- include("../menu.php"); 
- $menu=new Menu_Principal(); 
- $menu->menu($user, false); 
- ?> 
-   
- </div> 
- <div class="cuerpo"> 
- <iframe name="contenido" frameborder="0"  style=" width: 101%; min-height:900px;  text-align: center;"  > 
- </div> 
- </body> 
- </html> 
Y es ahi donde empiezo  a cargar a partir del menu, los archivos en el iframe 
Entonces viene mi pregunta, eso del nuevo index, podria incluirlo en el index q tengo dentro de mi carpeta main?... o en donde deberia colocarlo ?