Ok compañeros, después de mucho razonar, e seguido su consejo, me puse a investigar y encontré una gran solución realizada en php con includes como lo decía
Rafael:
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Iniciado por Rafael
La solución correcta es una página modular y usar una cosa llamada includes en php
Al parecer no era tan difícil como creí y logre hacer exactamente lo mismo que con el iframe y mejor ya que ahora si se mantiene la pagina (que era la razón de este tema), además que opte por quitar la animación al menú y dejarlo estático para así también poder ponerlo en la pagina modularmente...
Me encanto la solución, y disculpen la terquedad ya que con las prisas ya no sabia ni que hacer, creo que solo era cosa de relajarme un poco y buscarle...
Pues muchisimas gracias por la ayuda, espero me puedan echar la mano ya luego con lo del script pero ya sera en otro tema ok...