podes usar
http://php.net/manual/es/function.exec.php
Ejecuta un comando linux que se llama split por ejemplo
split -l 500 prueba.txt nuevo
http://rm-rf.es/como-dividir-archivo...nix-con-split/
despues recorres los archivos generados preguntado si existe el archivo si no existe terminas el bucle.
O creas los archivos en un directorio aparte y usas alguna de las funciones de archivos de php para ejecutar tu script con todos los archivos generados.
Suerte y espero que te sirva