Proteger descarga mediante FTP

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Proteger descarga mediante FTP

Lo primero, voy a explicar mi caso.
Soy programador web y he terminado una aplicación Web medite php y MySql, es una aplicación de gestión de una tienda Online. Con una parte publica y otra admin, la parte de admin sive para gestionar toda la tienda online, artículos, pedidos, stock, estadísticas... Todo lo necesario para gestionar la tienda Online.
La he colgado en el hosting de mi cliente, mi cliente tiene acceso al FTP de su dominio ya que es suyo, mi pregunta es, existe alguna manera de evitar que mi cliente acceda a su FTP y pueda copiar los archivos y generar otra tienda online en otro dominio?
Es decir, proteger con una contraseña los archivos cuando acceda mediante FTP pero que el navegador pueda acceder a ellos, ya que son necesarios para el correcto funcionamiento de la web.

raiz FTP:
public->aqui esta la parte pública, los archivos que conforman la tienda online, articulos, carro de compra...

admin->aqui esta el gestor de la tienda online, cuando se accede através de un navegador se pide un usuario y password para que solo el administrador de la tienda pueda crear artículos y mantener los pedidos. Pero lo que quiero es que cuando se accede mediante FTP no se puedan descargar y así evitar que estos archivos se puedan pasar a otra web.

Gracias por todo y espero impaciente vuestra respuesta.