Listo amigos ya lo pude solucionar. Encontré que tenia un error en el formato de las fechas que estaba definiendo.
Les dejo el código como quedo para quien desee reutilizarlo. Saludos.
Cita: <form id="form1" name="form1" method="post" action=""><label>Selecciona un dia</label>
<select name="dia">
<script type="text/javascript">
for(i=1; i<=31; i++){
document.write("<option id="+i+" value="+i+">"+i+"</option>")
}
</script>
</select>
<input type="submit" name="button" id="button" value="Enviar" />
</form>
<?php
$m=4;//numero del mes
$d=$_POST['dia'];//numero del dia
$y=2013;//numero del año
$fechaInicial=mktime(0,0,0,$m,$d,$y); //h.m.s.mes.dia.año
$lapso= 1; //dias habiles a sumar
$diasTrans= 0; //dias transcurridos
$diasHabiles= 0;
$feriados= array("15-4","16-4");//se define los feriados o dias a no contar d-m
while($diasHabiles<($lapso+1)) {
$fecha= $fechaInicial+($diasTrans*86400);
$diaSemana= getdate($fecha);
if($diaSemana["wday"]!=0 && $diaSemana["wday"]!=6) {
$feriado= $diaSemana['mday']."-".$diaSemana['mon'];
if(!in_array($feriado,$feriados)) {
$diasHabiles++;
}
}
$diasTrans++;
}
$fechaFinal= date("d-m-Y", ($fechaInicial+(($diasTrans-1)*86400)));
$fechahoy = date("d-m-Y");
echo "<br /><br />".$fechahoy." <b>Su declaracion sera para el: ".$fechaFinal."</b> ";
if ($fechaFinal >= $fechahoy){
//if (date("d-m-Y",$fechaFinal) > date("d-m-Y",$$fechahoy)){
echo "NO VA";
}
else {
echo "si va";
}
?>