Mostrar campos de la BD con el mismo nombre

[gnzsoloyo]

El campo que esta repetido se llama descripcion y las dos tablas en el que esta repetido son provincias y municipios.

En ese caso no puedes usar "*", tienes que forzosamente indicar uno a uno los campos.
Por ejemplo:

Código MySQL:

Select e.id_empresas,  p.id, e.id_municipios 
from empresas_direcciones e INNER JOIN provincias p ON e.id_provincias = p.id 
INNER JOIN municipios m ON m.id = e.id_municipios 
WHERE e.id_empresas = '.$_SESSION['id']
 

No pongo los campos que mencionas porque no conozco los nombres que usas en cada tabla.