Pues yo acabo de probarlo en el Try de phpMyadmin.net (Ver base "Test"
aquí), y la media me da 00:05:50, que es el mismo resultado de Leo en consola.
El problema no es, entonces, MySQL, sino algún tema de funcionamiento o la sintaxis de la consulta tomado por librería.
Lo único notable es que si el valor de los campos en cero fuese realmente NULL, entonces si podría ser de 06:15...
Por eso pregunto acerca de lo que realmente contiene...