Bueno pero lo que haya en la página principal da lo mismo. Porque se supone que tu página principal para inglés será algo.com/en. Y dado que Google mira páginas individuales, da igual cual es o no el idioma por defecto siempre y cuando existan enlaces a los otros idiomas.
Supongo que la forma más correcta de hacerlo si no se tiene varios dominios, es usar subdominios como dices. Tanto en cuanto que los subdominios al fin y al cabo son dominios diferentes. Pero bueno, de esa forma o
scopeando* el idioma por ./en ./es y demás el sistema en si será el mismo.
Igual sería bueno, como dice
zalito12 trasladar esto al foro de SEO. En ese foro tienen la extraña habilidad de florecer hasta caleidoscópicos orgasmos los temas con buenas y variadas opiniones.
* me auto-menosuneo por esto —en esencia.