Sino me equivoco el *_site_option sabe perfectamente que blog/id es cuando ataca a la base de datos, lo puede ver en la línea 771 del siguiente enlace:
http://core.trac.wordpress.org/brows...ption.php#L759
Con esto te quiero decir que Wordpress multisite se encarga de distribuir las opciones por separado de cada blog y que el mismo se encarga de ello.