for(i=1;i<=9;i++){ //si el número es menor o igual a 9
numero=eval("00"+i);//le agregas 2 ceros
}
for(i=10;i>=10 || i<=99;i++){ //si el número es menor o igual a 99 o mayor o igual a 10.
numero=eval("0"+i);// le agregas 1 cero
}
pruébalo.
no sé si es eso lo que buscas, pero eso entendí.
espero te sirva
Suerte.