Con 0 de código es difícil ayudar pero adivinando un poco me imagino que estás haciendo un bucle que recorre los 2000 registros y por cada registro haces un insert. Lo que tienes que hacer es hacer un insert cada 1000 registros o directamente los 2000 que tampoco son tantos.
Ten en cuenta que puedes hacer esto:
Código SQL:
Ver originalINSERT INTO clientes (nombre, telefono) VALUES ('pepe', 123456789), ('juanito', 987654321)
Lo cual es muchísimo más rápido que hacer 2000 inserts.
Si ese es el problema bajarás el tiempo de ejecución a menos de 5 segundos probablemente.
Un saludo
PD: Por cierto. Querrás decir reducir el tiempo de respuesta! jaja