Las cuestiones que estás formulado a partir de ahora están centradas en PHP, así que te aconsejo que lo publiques en su
sección, eso sí, lo que tienes hecho con matlab no creo que te sirva de mucho.
En programación web existen dos lados desde los que se interactúan con la web llamados "lado del Cliente" y "lado del Servidor", que corresponden con el navegador web (opera, chrome, firefox, etc) y el servidor en sí.
Ahora volviendo a como recuperar información de un input, debes crear un
formulario y dependiendo del Method que le asignes es como recuperar la información en PHP.
Si el Method es POST, deberás usar la variable superglobal
$_POST, y si es GET pues por la superglobal
$_GET.