¿Por qué quieres borrar todo y empezar de nuevo? Entiendo que actualmente la web tiene una estructura confusa, arreglalo pero no borres y empieces de cero. Es probable que de lo que tengas se va a perder bastante pero si puedes recuperar un poco por qué renunciar a ello.
Ya tienes una antigüedad, relevancia y pr acumulado. Arregla la estructura de la web y con el tiempo dejarán de aparecer errores en la wmt pero no es necesario perder lo bueno que tengas aunque sea poco.