Cambio total de la web, ¿se puede eliminar todo y volver a indexar?

[duodingo]

Buenas! Mi duda es la siguiente, tengo una pagina web, bastante grande, que voy actualizando poco a poco, añadiendole mejoras, secciones, cambios, etc...

Tengo una actualizacion muy grande pendiente que cambiaria todo el diseño y muchas, muchiiisimas urls. Recurro a vosotros por que me gustaria saber si eliminando la raiz del sitio en WMT y toda la pagina pudiera tener algun problema indexando todo de nuevo, por supuesto modificaria el sitemap y robots con los nuevos cambios.

La razon de esto es que se podria decir que actualmente no me llevo "bien" con google xD al ir realizando periodicamente cambios en la pagina se ha vuelto loco con la estructura de urls y no hace mas que mandarme errores de paginas que ya no existen o que han cambiado...pff estoy que me vuelve loco desde hace unos meses el asunto. Ademas tengo la grafica de consultas totalmente plana y no me trae absolutamente ninguna visita. Asi que pense que mejor cortar de raiz y asunto solucionado. Que opinais?


Disculpar por la molestia, seguro que es muy noob todo el asunto pero es que creo que la he liado un poco parda xDD

Saludos y muchas gracias de antemano!