Código PHP:
Ver original$final = "Point_id;X;Y\n";
$contador = 1;
for($i=0;$i<count($listaCoord);$i++){ $i++;
if($i>=count($listaCoord)) break; $contador++;
}
echo $final;
Se produce por que haces saltar la i dos veces por vuelta...
Con el if que he puesto saldrá del for cuando i+1 sea igual a count($listaCoord)).