Si le echas un ojo a la API
http://docs.jboss.org/hibernate/orm/...iguration.html verás con configure(string) lo lee como si fuera recurso, es decir, el fichero debe estar en el CLASSPATH. Para cargar un fichero cualquiera, debes usar el método configure(File).
Pero sigo sin entender qué te arregla eso, el fichero seguirá estando accesible..... e incluso más accesible que si está dentro del jar.
Se bueno.