Yo personalmente creo que cualquier base de datos de tipo relacional no se diferencia mucho de otra salvo cosas puntuales.
Basicamente lo que puedes hacer son dos cosas.
1. Si tu servidor es windows podrias traer los datos directamente a php. Consulta conexión de bases de datos ODBC. (Incluso parece ser que tambien se puede hacer con linux, pero nunca lo he probado, seria cosa de averiguar
http://www.unixodbc.org/)
2. Si no deseas hacerlo deberias migrar tus base de datos de .mdb a mysql. A mi se me ocurre que podrias hacerlo pasando primero los datos a .csv y luego lo migras, igual no se si exista una manera de hacerlo directo. Me imagino que se podra pasar directamente como un .sql y de esta manera la migracion sera mucho mas sencilla.
Bueno, esas son ideas, seguro habra maneras mejores de hacerlo, todo depende que tan compleja sea tu base de datos.