Instalar linux en un disco duro externo

[Cesar_d]

Todo depende para lo que quieras utilizar GNU linux. Existen un montón de distribuciones live para llevar en un USB incluso con la posibilidad de reservar un espacio permanente para datos. Lo que está claro es que en la misma partición de windows no podrás instalar un GNU linux puro simplemente por la diferencia en los sistemas de archivos.
Si quieres utilizar GNU Linux para aprender te recomiendo un disco duro exclusivo para él o incluso un USB. Deberías pasarte unos cuantos meses o incluso algún año sin tocar el entorno gráfico e intentar hacer todo por consola. Hay miles de tutoriales para ello y eso sí, mucha mucha paciencia. Respecto a si te vale para las dos máquinas solo deberías fijarte si las dos son iguales en cuanto a procesadores. Por el resto no deberías tener más problemas que algún driver que te falte sobre todo si alguna máquina utiliza una tarjeta wifi broadcom.
Recomendar una distro... buff, es complicado. Yo uso debian y estoy muy contento pero otros te recomendaran otras seguro.
Si nos comentaras para que quieres GNU Linux a lo mejor te podríamos ayudar algo más.
Saludos