Conteo dentro de Join

[gnzsoloyo]

Porque el agrupamiento también está abarcando al colaborador.
Debes especificar claramente cómo quieres hacer la acumulación: Si lo que quieres son los totales de las preguntas que respondieron todo los colaboradores, entonces no peudes poner la lista de colaboradores, solamente las preguntas:

Código MySQL:

SELECT 
    R.idpregunta, 
    R.respuesta,
    COUNT(R.respuesta) totalRespuesta
FROM 
    colaborador C 
    LEFT JOIN respuesta R ON C.idcol = R.idcolaborador
WHERE 
    R.idencuesta = '1'
    AND C.supervisor = 'ALCALA SALAZAR'
GROUP BY R.idpregunta, R.respuesta
ORDER BY R.`idpregunta` ASC
 

Es decir: Si quieres saber el total de selecciones de cada respuesta para cada pregunta, no puedes discriminar por colaborador, porque cada uno sólo pudo elegir una única respuesta en un una única pregunta.... Son conceptos incompatibles.