El borrado de datos relacionados por medio de JOIn tiene sus bemoles, e incluso no siempre es efectivo. Depende del caso, y hay que analizar la estructura de las tablas y sus dependencias.
Por lo pronto, yo te sugiero que revises bien el manual de referencia, donde se explican las complicaciones que el caso tiene (
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/delete.html).
Por otro lado, hay que verificar si hay más dependencias que no sean evidentes de la tabla "registro"", y de la "empleados_extra", ya que cualquier otra tabla donde "registros.folio" se relacione como FK, por ejemplo, impedirá el borrado, por integridad referencial.
Ese suele ser el problema más habitual, que muchas veces no se analiza bien.
Revisa las tablas, verifica que esos registro no impacten en otras tablas.