veo otras funciones de validación asi que no se si está todo bien, te pongo un ejemplo general, muy básico, pero se aplica igual a lo que estás tratando
en tu javascript
Código:
function validar(){
if(document.formulario.nombre == "")
alert('falta nombre');
return false;
}
if(document.formulario.edad < 18){
alert('es menor de edad');
return false;
}
}
Es decir si no se cimple una condición devolvé false,
luego en tu form llamás la validación con return en el evento onsubmit
Código:
<form action="alta-empresa.php" method="post" name="formulario" id="formulario" onsubmit="return validar()">
y quitas ese onclick del boton submit que tenes ahora
entonces, si en la ejecución no se devuelve ningún false, la acción natural del evento continua, es decir, se hace el submit y se envía el form.
SAludos