ya probaste con output??
$this->Output(); //Envía como salida del documento
Un ejemplo
Código PHP:
<?php
require('fpdf.php');
$link = mysql_connect("localhost", "ccyc");
mysql_select_db("BDD", $link);
$result = mysql_query("SELECT * FROM GENERAL WHERE GENERAL.FOLIO='2165'",$link);
$row=mysql_fetch_array($result);
$pdf=new FPDF();
$pdf->AddPage();
$pdf->SetFont('Arial','B',16);
$pdf->Cell(0,10,'FOLIO:'.$row[1],0,1,'R');
$pdf->Output();
?>