Imprime la consulta, ejemplo:
Código PHP:
Ver original$query = "UPDATE personal SET token = '".$_SESSION['token']."' WHERE idPersonal = ".$_SESSION['id'];
echo $query;
Está bien la consulta?
Cópiala y ejecútala en PhpMyAdmin para ver si se aplica a todos los usuarios, cosa que dudo.
No está bien la consulta?
Corrígela y regresa al paso anterior.
Si la consulta es correcta, te sugiero comentar las líneas donde haces la actualización y ver si sigue ocurriendo. Tal vez en alguna otra parte de tus scripts estés actualizando el token sin filtrar correctamente.