Pasar los valores de un PHP a un Shell

[AlvaroG]

Primero que nada, estoy viendo que tenés saltos de línea de Windows (\r al final de cada línea).
En estos casos, lo más común es que, si lo corres directamente, te de un error de "bad interpreter"

Por eso mismo no puede cambiar a "/root/", porque en realidad le estás pidiendo que cambie a "/root/\r", que no existe.

Convierte los saltos de línea a saltos de línea de UNIX, y prueba de nuevo. Al parecer hay algún tema extraño allí con alguna comilla de más (o de menos)